什么是土著菌？
土著菌即土著微生物，作为自然农业五种核心原料之一，土著菌是世世代代以当地环境为自己的栖息地，坚守着自己生活领域的有益微生物混合群。由固定碳素的光合细菌、抑制病毒的放线菌、分解糖类的酵母菌、在厌氧条件下有效分解的乳酸菌等几十种微生物组成。
土著菌是自然界中不可缺少的一部分。树叶枯落在地上，经土著微生物发酵分解，变成营养丰富的食品，被成千上万的小昆虫、蚯蚓、小动物采食，然后排出粪便再供植物生长，所有这些物质和营养的流通环节都离不开土著菌的作用。
土著菌喜欢生活在哪里？
土著菌喜欢生活在空气清洁的山野中，尤以土壤中土著菌数目较多。走进阔叶树林或竹林，在落叶且腐殖质多的地方，扒开树叶或杂草就可以看到细丝状白色菌落，即为自然界常见的土著微生物形态。
土壤为什么适合微生物生长：
①土壤含有丰富的动植物和微生物残体，可供微生物作为碳源、氮源和能源。
②土壤含有大量丰富而全面的矿质元素，供微生物生命活动所需。
③土壤水分条件可满足微生物对水分的需求。
④土壤的pH值范围在3.5-10.0之间，多数在5.5-8.5之间，而大多数微生物的适宜生长pH也在该范围内。即使在较酸或较碱的土壤中，也有较喜酸或喜碱的微生物在其中各得其所的生活。
⑤土壤温度变化幅度小而缓慢，土壤的温度范围恰是中温性和低温性微生物生长的适宜范围。
土著菌都有哪些用途？
1.发酵床养殖技术
采集土壤中的多种有益微生物进行培养扩繁，使其形成具有相当活力的微生物母种，按照一定比例将微生物母种与锯木屑等辅料和活性剂混合发酵形成有机垫料。让猪、鸡等畜禽从小到大都生活在这种有机垫料上，猪、鸡等畜禽的排泄物被有机垫料里的微生物迅速降解、消化，不需进行人工处理，达到零排放。
活性剂：活性剂包括天惠绿汁、氨基酸液等，主要用于调节土著微生物的活性，特别是土著微生物活性降低时，可用活性剂提高土著微生物的活力，以加快畜禽排泄物的降解、消化速度。活性剂是从动植物体内提取出来经发酵后形成的。
2.原油的降解作用
派森诺生物与上海大学合作，建立“土著菌群+外源枯草芽孢杆菌”的共培养体系，发现引入枯草芽孢杆菌能显著改变土著菌群的组成结构，并大幅提升土著菌群对原油的生物降解能力，枯草芽孢杆菌尤其对原油中的致癌芳香类物质降解能力优良。
3.制备成菌剂促进堆肥发酵
早在20世纪40年代。日本微生物专家岛本觉也先生开创研究了一门新型农业技术—酵素菌技术(又称岛本微生物农法)。而且通过该技术生产出的肥料是生产绿色无公害食品的最佳生物菌肥料，被国内外专家认为这将是促进传统农业向现代生态农业转化的一场重大革命。利用当地土生土长的微生物将有机物发酵成高档生物有机肥，在给作物施肥的同时，也给土壤接种了大量有益菌种，激活了土壤活力，既经济又环保。
土著菌协助发酵的优点：
①土生土长的微生物适应性强，活性高，制作的肥料质量好，且取材方便，菌种易于采集
②土著菌发酵的有机肥较有机物直接还田效率较高
③土著菌有机肥在发酵过程中产生多种氨基酸、脂肪酸、酶和生物激素类物质，在作物的生长发育中起至关重要作用
④克服由于大量使用化肥所导致的土壤结构严重破坏和恶性循环
⑤土著菌有机肥施到土壤后能形成有益微生物群体优势，抑制有害微生物的繁殖，减少病虫害的发生。
土著菌的分离制备过程是什么？
1.菌种采集
选择一棵比较高大、粗壮的树木，拨开地上积累的枯枝烂叶，会发现许多白色的菌丝团。在干净的容器中装入约1/3的大米饭，微生物比较喜欢吃大米饭，所以这个米饭就充当了培养基的角色，然后盖上宣纸，用绳子系好，封好口，将其埋在我们刚才找到的白色菌丝团中，盖上积落的树叶，为了防止小动物破坏，雨水淋湿，我们可以把容器放在铁丝网里保护起来，并用塑料布盖在上面用小木棒压好。
一般夏季经3～5天，春秋经6～7天，周边的好气性的土著微生物便会透过宣纸潜入到米饭中，在米饭上形成白色或蓝绿色的菌落即为我们需要的土著菌，注意，如果发现有黑色的菌落，说明有杂菌侵入，需要重新来做。
2.菌原液制备
土著菌采集后将米饭取出，立即与红糖按照3：1的比例混合，搅拌均匀后装坛，根据微生物的好氧性，装到坛子的1/3处即可。盖上宣纸，用线绳系好口，放置在温度18℃左右地方。大约放置7天左右，米饭就会变成浓稠液体状态，稍加过滤后就可制备成简单的微生物菌种原液。
用的时候直接稀释后和EM菌种稀释液一同使用，在厨余垃圾堆肥、畜禽粪便堆肥等过程中具有诸多优点。并且该方法简单易行，简单的准备一些工具之后便可自行操作。
3.菌种分离制备菌剂
采来的样品还可直接进行分离获得我们所需要的菌种，从中筛选并经驯化可以获得堆肥高效菌株或微生物类群，直接用于堆肥过程。例如常规用于堆肥的复合微生物类群，往往是直接从自然环境中获取的微生物，经过驯化之后，形成理想的群落结构和优势种群，执行其堆肥发酵功能。单一菌株难以完成堆肥发酵特别是人工合成垃圾降解的复杂过程，可将提纯得到的微生物经过一系列专业的技术处理，得到适合于工业生产用的菌种，活性好的土著菌可以由人工培养，扩培成纯度高的微生物群落，为复合菌剂的制备提供新的菌种来源。
